- Trong bể MBBR, hệ thống cấp khí được cung cấp để tạo điều kiện cho vi sinh vật hiếu khí sinh trưởng và phát triển. Đồng thời quá trình cấp khí phải đảm bảo được các vật liệu luôn ở trạng thái lơ lửng và chuyển động xáo trộn liên tục trong suốt quá trình phản ứng. Vi sinh vật có khả năng phân giải các hợp chất hữu cơ sẽ bám dính và phát triển trên bề mặt các vật liệu. Các vi sinh vật hiếu khí sẽ chuyển hóa các chất hữu cơ trong nước thải để phát triển thành sinh khối.
- Quần xã vi sinh sẽ phát triển và dày lên rất nhanh cùng với sự suy giảm các chất hữu cơ trong nước thải. Khi đạt đến một độ dày nhất định, khối lượng vi sinh vật sẽ tăng lên, lớp vi sinh vật phía trong do không tiếp xúc được nguồn thức ăn nên chúng sẽ bị chết, khả năng bám vào vật liệu không còn. Khi không bám được lên bề mặt vật liệu chúng sẽ bị bong ra rơi vào trong nước thải. Một lượng nhỏ vi sinh vật còn bám trên các vật liệu sẽ tiếp tục sử dụng các hợp chất hữu cơ có trong nước thải để hình thành một quần xã sinh vật mới.
- Vi sinh vật bám trên bề mặt vật liệu lọc gồm 3 loại: lớp ngoài cùng là vi sinh vật hiếu khí, tiếp là lớp vi sinh vật thiếu khí, lớp trong cùng là vi sinh vật kỵ khí. Trên bề mặt giá thể, các vi sinh vật bám vào và tạo thành lớp bùn vi sinh. Tại lớp trong cùng của bề mặt giá thể, chủng vi sinh vật kỵ khí phát triển mạnh mẽ xử lý các hợp chất hữu cơ cao phân tử. Tại lớp gần ngoài cùng thì chủng vi sinh thiếu khí phát triển mạnh sẽ khử Nitrat thành N2 thoát ra khỏi môi trường nước thải.
- Sau khi được khử toàn bộ các thành phần ô nhiễm thì nước thải được tách phần bùn vi sinh hiếu khí ra khỏi dòng nước thải tại bể lắng. Bùn trong bể lắng được bơm về bể sinh học thiếu khí để duy trì lượng bùn sinh học trong bể và để bể thiếu khí khử lượng Nitrat còn lại trong dòng thải. Sau một thời gian, bùn trong bể sinh học nhiều sẽ được xả bớt.
- Trong nước thải sinh hoạt, Nitơ chủ yếu tồn tại ở dạng Amoniac, hợp chất Nitơ hữu cơ. Vi sinh vật hiếu khí sẽ chuyển hóa hợp chất Nitơ về dạng Nitrite, Nitrate. Tiếp tục vi sinh vật thiếu khí và kỵ khí sẽ sử dụng các hợp chất hữu cơ trong nước thải làm chất oxy hóa để khử Nitrate, Nitrite về dạng khí N2 bay lên. Mặt khác quá trình Nitơ một phần còn được thực hiện tại bể lắng sinh học. Vì vậy, hiệu quả xử lý hợp chất Nitơ, Photpho trong nước thải sinh hoạt của công trình này rất tốt.