Tiền thân của Viện Phát triển Ứng dụng là Trung tâm Nghiên cứu Thực nghiệm được thành lập vào ngày 21 tháng 10 năm 2016 theo quyết định số 1761/QĐ-ĐHTDM của Trường Đại học Thù Dầu Một. Chức năng nghiên cứu, ứng dụng khoa học công nghệ, quản lý tổ chức hoạt động phòng thí nghiệm, hoạt động giảng dạy các môn thực hành thực nghiệm, các khóa bổi dưỡng tập huấn các chuyên đề liên quan đến lĩnh vực nghiên cứu thực nghiệm; thiết lập mở rộng mối quan hệ hợp tác nghiên cứu khoa học và thực nghiệm với đối tác trong và ngoài nước; xây dựng và vận hành hiệu quả hệ thống đội ngũ nghiên cứu viên phục vụ nhiệm vụ phát triển khoa học và công nghệ; cung ứng các dịch vụ trong lĩnh vực nghiên cứu, thực nghiệm; phối hợp với doanh nghiệp thương mại hóa các sản phẩm ứng dụng từ các loại nấm dược liệu phục vụ cộng đồng.
Đến ngày 4 tháng 12 năm 2019, theo quyết định số 1873/QĐ-ĐHTDM của Lãnh đạo Trường Đại học Thủ Dầu Một về việc hợp nhất Trung tâm Nghiên cứu Thực nghiệm và Viện Phát triển Khoa học Công nghệ thành Viện Phát triển Ứng dụng theo đó nâng tầm chức năng nghiên cứu khoa học và chuyển giao công nghệ, phát triển sản phẩm, kết quả mang lại lơi ích và giá trị phục vụ cộng đồng.