Thủy canh là phương pháp tiên tiến, vì nông sản được che chắn kỹ lưỡng, không phải tiếp xúc với đất cũng như được trồng trên máng cao nên mô hình này đã hạn chế được sự lây nhiễm của sâu bệnh, cũng như các yếu tố khách quan làm ảnh hưởng đến đất ở diện rộng. Ngoài ra, một ưu điểm nổi trội là phương pháp này không phải sử dụng các loại thuốc bảo vệ thực vật trực tiếp tác động đến thành phẩm, từ đó sản phẩm được ưa chuộng và có giá thành cao gấp 2 – 4 lần sản phẩm cùng loại theo phương pháp truyền thống.
Tuy nhiên, một trong những vấn đề then chốt nhất khi ứng dụng phương pháp này là việc người dùng cần kiểm tra và điều chỉnh lượng nước, phân bón cũng như chất kích thích trồng trọt một cách hợp lý nhất, từ đó không gây ảnh hưởng đến môi trường cũng như vốn đầu tư cho trồng trọt. Nguyên lý tưới của hệ thống thủy canh là dinh dưỡng được chứa trong các bể chứa và cây hấp thụ dinh dưỡng trực tiếp từ bể chứa thông qua các máng trồng. Điều này làm cho việc điều chỉnh lượng nước trở thành một thách thức cho người dùng.