Vật liệu
-Mục tiêu là sản phẩm của phản ứng RT-PCR (với cặp mồi IF: CCAAGGAAAACTGGGTGCAG và IR: TTGGATACCACAGAGAATGAATTTTT).
-Từ mRNA của Interleukin-8 trong mẫu bệnh phẩm nước bọt của bệnh nhân mắc bệnh ung thư hốc miệng mà không cần trải qua quá trình tinh sạch gì thêm (được cung cấp bởi trung tâm Y sinh học phân tử, Đại học Y Dược Tp Hồ Chí Minh).
-Trình tự của DNA mục tiêu: 5’-CCAAGGAAAACTGGGTGCAGAGGGTTGTGGAGAAGTTTTTGAAGAGGGCTGAGAATTCATAAAAAAATTCATTCTCTGTGGTATCCAAG-3’
-Đầu dò DNA có cấu trúc kẹp tóc sau khi được thiết kế, được tổng hợp bởi Biosearch Technologies (Novato, CA).
-Trình tự của đầu dò 5’-MB-TTTTTGAAGACCCGA-(CH2)6-S-S-(CH2)6- AGCCCTCTTCAAAAACTTCTCCACAACCCTCTGC-3’
-Các dung dịch hóa chất 6-Mercaptohexanol (MCH), Tris (2-carboxyethyl) phosphine hydrochloride (TCEP), postassium ferricyanide (K3Fe(CN)6), phosphate buffer saline (PBS) (pH 7.4) được cung cấp bởi (Sigma-Aldrich, St.Louis, MO). Nước cất khử ion 2 lần được sử dụng trong suốt quá trình thí nghiệm.
-Điện cực vàng (AuNW) được sử dung là chíp các sơi nano vàng được phủ trên đế Silic với các thông số kỷ thuật (Dài: 1000µm; rộng: 2µm; cao: 60nm)
Phương pháp
- Chuẩn bị chíp và đầu dò
- Chuẩn bị mục tiêu và lai hóa
- Đo điện hóa
Kết quả
Với mục đích thiết kế đầu dò có cấu trúc hoạt động theo cơ chế tín hiệu thay đổi signal-on, để gắn vào cảm biến E-DNA sợi nano vàng nhằm tăng độ nhạy cho cảm biến chúng tôi đã đạt được những kết quả sau. Thứ nhất thiết kế thành công đầu dò hoạt động theo cơ chế tín hiệu thay đổi signal-on, có cấu trúc hairpin với trình tự nhằm phát hiện đoạn DNA là sản phẩm của phản ứng RT-PCR từ mRNA của Interleukin-8. Thứ hai giới hạn phát hiện (LOD) của cảm biến E-DNA sợi nano vàng khi được gắn đầu dò hoạt động theo cơ chế tín hiệu thay đổi signal-on thông qua phương pháp CV đạt được là 25pM. Và cuối cùng với LOD 25pM đã cho thấy sự thành công trong việc tăng độ nhạy cho cảm biến E-DNA có đầu dò hairpin so với cảm biến E-DNA có đầu dò cấu trúc stem-loop đạt LOD 200pM. Điều đó đã chứng minh rằng cảm biến E-DNA đầu dò hoạt động theo cơ chế signal-on có độ nhạy cao hơn cảm biến E-DNA có đầu dò hoạt động theo cơ chế signal-off.