1. Điều tra, nghiên cứu cơ bản vùng biển, bờ biển và hải đảo của Việt Nam
• Điều tra, nghiên cứu điều kiện tự nhiên
- Địa hình, địa mạo và địa chất, địa động lực biển và bờ biển
- Cấu trúc và tiến hoá các địa hệ ven bờ
- Các yếu tố và các quá trình vật lý thuỷ văn biển
- Các quá trình động lực bờ, động lực cửa sông
- Các yếu tố hóa, lý của nước biển và động thái của chúng
- Đa dạng sinh học biển, sinh thái biển
- Điều tra, nghiên cứu tảo độc hại, hiện tượng thủy triều đỏ và những ảnh hưởng tới nguồn lợi sinh vật biển
• Điều tra, đánh giá tài nguyên, tiềm năng khai thác sử dụng và đề xuất các giải pháp sử dụng hợp lý
- Tài nguyên phi sinh vật
- Tài nguyên sinh vật
- Điều tra phát hiện các dạng tài nguyên mới phục vụ phát triển kinh tế - xã hội, an ninh quốc phòng
• Bảo vệ môi trường biển và phòng chống thiên tai
- Điều tra và quan trắc môi trường biển theo nhiệm vụ định kỳ và không định kỳ, phát hiện cảnh báo ô nhiễm môi trường
- Đánh giá tác động môi trường theo dự án, đánh giá môi trường chiến lược, đánh giá các sự cố môi trường
- Nghiên cứu cơ sở sinh học phục vụ xây dựng bộ chỉ tiêu chất lượng môi trường
- Nghiên cứu, đánh giá, dự báo và đề xuất các giải pháp phòng tránh thiên tai (xói lở, sa bồi, nước dâng, nhiễm mặn, ngập lụt ven bờ v.v.)
• Điều tra, đánh giá cơ sở khoa học xây dựng hệ thống các khu bảo tồn tự nhiên biển, các khu di sản, khu dự trữ sinh quyển...
• Quy hoạch, quản lý biển và vùng bờ biển
- Quy hoạch phát triển kinh tế-xã hội theo lãnh thổ, quy hoạch phát triển ngành và phát triển đối tượng
- Xây dựng và phát triển các mô hình quản lý tổng hợp vùng bờ biển phục vụ phát triển bền vững tài nguyên và môi trường
2. Nghiên cứu, triển khai và ứng dụng công nghệ biển
- Các giải pháp và quy trình phòng chống, khắc phục ô nhiễm và các sự cố môi trường
- Nghiên cứu, ứng dụng/sản xuất các hoá chất xử lý ô nhiễm môi trường biển
- Nghiên cứu quy trình công nghệ làm sạch nước cho nuôi trồng thuỷ sản
- Nghiên cứu công nghệ xử lý ô nhiễm môi trường cho nuôi trồng hải sản
- Công nghệ viễn thám và GIS phục vụ điều tra, nghiên cứu biển, kinh tế biển, dự báo ngư trường
- Các giải pháp kỹ thuật và mô hình ứng dụng phòng chống xói lở bờ biển, sa bồi luồng tàu, bến cảng
- Xây dựng các chỉ tiêu địa kỹ thuật cho các công trình bờ và biển
- Nghiên cứu, tách chiết các hoạt chất sinh học biển phục vụ phát triển kinh tế và bảo vệ sức khoẻ cộng đồng
- Nghiên cứu công nghệ chống ăn mòn hoá học trong biển nhằm bảo vệ các công trình biển phục vụ phát triển kinh tế và an ninh quốc phòng
- Nghiên cứu các đặc trưng sinh lý, sinh thái sinh vật biển để phát triển nguồn lợi sinh vật biển, chú trọng những loài có giá trị kinh tế, xuất khẩu
- Công nghệ lọc sinh học phục vụ nuôi trồng thuỷ sản năng suất cao
- Nghiên cứu di truyền, chọn giống và di nhập để phát triển nguồn lợi thuỷ sản trước hết cho các đối tượng kinh tế
- Nghiên cứu quy trình phục hồi, tái tạo các hệ sinh thái đặc thù (rạn san hô, thảm cỏ biển, rừng ngập mặn) và các loài hải sản có giá trị, quý hiếm và đe doạ bị diệt chủng
- Thiết lập các khu bảo tồn thiên nhiên biển, xây dựng các mô hình quản lý tổng hợp vùng bờ biển
- Mô hình du lịch sinh thái ngầm
3. Hoạt động tư vấn, dịch vụ và chuyển giao công nghệ
- Tư vấn các lĩnh vực quy hoạch, quản lý và bảo vệ môi trường, phát triển kinh tế xã hội
- Lập các dự án tiền khả thi, khả thi
- Xây dựng các luận chứng KH-CN, kinh tế kỹ thuật
- Đánh giá tác động môi trường cho các dự án, chương trình đầu tư
- Thẩm định và giám định các chương trình, dự án
- Hỗ trợ kỹ thuật trong quản lý vùng ven biển
- Trao đổi, cung cấp thông tin tư liệu biển
- Dịch vụ thăm quan và du lịch khoa học, khảo sát ngầm
- Cung cấp, trao đổi mẫu vật và dịch vụ bảo tàng
- Chuyển giao công nghệ do đơn vị tự nghiên cứu hoặc tiếp thu từ bên ngoài và nước ngoài theo các quy định của pháp luật
4. Xây dựng và phát triển bảo tàng hải dương học, cơ sở dữ liệu biển
- Tổ chức sưu tầm, lưu giữ, trao đổi mẫu vật phục vụ nghiên cứu/trao đổi khoa học, học tập, bảo tồn thiên nhiên; tổ chức trưng bày triển lãm tư liệu hải dương học, mẫu vật sinh vật biển phục vụ phổ biến kiến thức, giáo dục văn hoá cộng đồng, tăng cường ý thức bảo vệ thiên nhiên
- Xây dựng cơ sở dữ liệu biển
5. Đào tạo chuyên gia trong lĩnh vực tài nguyên và môi trường biển
- Đào tạo sinh viên, kỹ sư mới ra trường Quy phạm điều tra tổng hợp biển, quy phạm điều tra chuyên ngành về vật lý biển, địa chất biển, hoá học biển, sinh học biển, các hệ sinh thái biển, đa dạng sinh học biển...
- Đào tạo và đào tạo lại các kỹ năng nghiên cứu tài nguyên và môi trường biển, đánh giá tác động môi trường
- Đào tạo bậc trên đại học (thạc sỹ, tiến sỹ) về lĩnh vực tài nguyên và môi trường biển
6. Hợp tác quốc tế
Thông qua hợp tác quốc tế để tìm kiếm cơ hội phát triển tiềm lực, nâng cao trình độ KH-CN về tài nguyên và môi trường biển, chống nguy cơ tụt hậu ngày càng xa so với các nước trong khu vực và thế giới, đồng thời có điều kiện hội nhập và tham gia giải quyết các vấn đề về biển xuyên lãnh hải vì lợi ích đa quốc gia. Cán bộ khoa học có cơ hội tiếp thu các thành tựu KH-CN tiên tiến trên thế giới và tăng cường chuyển giao công nghệ nhằm phát triển kinh tế đất nước.
Hợp tác quốc tế trên nguyên tắc bảo đảm lợi ích quốc gia, các bên cùng có lợi, bằng nhiều hình thức khác nhau: hợp tác song phương, đa phương, chính phủ, phi chính chủ, các tổ chức quốc tế v.v.; bằng nhiều phương thức khác nhau: thông qua các dự án nghiên cứu KH-CN, các dự án đầu tư phát triển, các khoá đào tạo dài hạn, ngắn hạn, trao đổi thông tin KH-CN v.v.
- Thực hiện nhiệm vụ đã được giao là cơ quan chủ trì, điều phối quốc gia của Việt Nam trong Chương trình hợp tác đa phương giữa Nhật Bản và 5 nước ASEAN (Thái Lan, Malaysia, Indonesia, Philippin và Việt Nam) nghiên cứu về Khoa học biển ven bờ (Coastal Marine Science).
- Duy trì hợp tác với Cộng hoà Pháp về sinh thái, môi trường biển và quản lý tổng hợp vùng bờ biển; với Vương quốc Bỉ về mô hình sinh thái biển, môi trường cảng, thiết lập và ứng dụng GIS trong nghiên cứu dải ven biển; với Italy về bảo tồn đa dạng sinh học biển và động thái môi trường đầm phá; với Đan Mạch và Nhật Bản về tảo độc hại; với Nhật Bản về vật lý, sinh học, địa chất, môi trường và viễn thám biển; với Tây Ban Nha về hoạt chất tự nhiên trong sinh học biển; với Hoa Kỳ về địa chất biển; với UNEP về bảo vệ, quản lý rạn san hô, cỏ biển, đất ngập nước, ô nhiễm từ lục địa; với IUCN và NOAA (Hoa Kỳ) về quản lý tổng hợp vùng ven biển; với Trung tâm Bảo tồn đa dạng sinh học ASEAN về đánh giá đa dạng sinh học…
- Tiếp tục tăng cường và mở rộng hợp tác quốc tế với các nước có biển trong khu vực Đông Nam Á (ASEAN), Trung Quốc, các nước Đông Á và các khu vực khác trên thế giới.