Loại bỏ các vấn đề về sự phân tách bị trễ:
JMS-S3000 giải quyết 1 vấn đề phổ biến hiện nay là sự phân tách bị trễ bởi việc sử dụng MALDI-TOF MS truyền thống với chiều dài đường bay được mở rộng, theo đó tăng cường độ phân giải và độ chính xác.
Hệ thống quang ion của MALDI-TOF MS kết hợp hai loại, 1 loại dùng sự phân tách bị trễ (chiều dài tới vị trí hội tụ L1: đường màu đỏ) và 1 loại có sự hội tụ năng lượng động học (chiều dài L2: đường màu xanh). Sự phân tách bị trễ, đồng thời góp phần đáng kể vào việc tăng cường độ phân giải số khối, có một thiếu sót là độ phân giải cao trên dải số khối mà nó thu được bị cục bộ hóa. Vấn đề này được giải quyết bằng cách tăng tỷ lệ L2/L1 (tỷ lệ của đường màu xanh). JMS-S3000, trong đó L2 dài hơn theo cấp số mũ so với bất kỳ hệ TOF MS phản xạ kiểu truyền thống nào, theo đó có thể phân tích các mẫu ở độ phân giải số khối cao và độ chính xác số khối cao với nội chuẩn tham chiếu.
Độ phân giải cao trên một dải số khối rộng:
JMS-S3000, bằng cách kéo dài thời gian bay, đạt được độ phân giải số khối lớn và độ chính xác số khối với nội chuẩn tham chiếu vượt xa các mức mà MALDI-TOF truyền thống có thể đạt được trong 1 dải số khối rộng hơn.
Giảm thiểu ảnh hưởng đến việc chuẩn bị mẫu:
Sự kết tinh nền không đồng đều khiến cho các vị trí ban đầu khác nhau để chiếu xạ laser và do đó độ dài các chuyến bay của ion cũng khác nhau. Mặc dù sự khác biệt là vô cùng nhỏ, nhưng trong hệ quang ion truyền thống, sự khác biệt về chuyến bay này ảnh hưởng xấu đến độ phân giải số khối và độ chính xác số khối mà sử dụng ngoại chuẩn tham chiếu. JMS-S3000, bằng cách kéo dài thời gian bay, giảm thiểu hiệu ứng này, ổn định độ phân giải số khối và đạt độ chính xác số khối cao.
Độ chính xác số khối cao với chuẩn tham chiếu:
JMS-3000 có thể phân tích các mẫu với độ chính xác số khối cao bằng cách sử dụng các chuẩn tham chiếu. Một hỗn hợp peptide chuẩn và một một lượng trypsin của albumin huyết thanh bò bằng 25 fmol đã được lắng đọng trên một điểm hiệu chuẩn và các điểm mẫu của một tấm đĩa mục tiêu tương ứng. Phổ được thu nhận tự động, áp dụng chọn peak (deisotoped), và được so khớp về điểm số bằng MASCOT PMF bởi Matrix Science. Số liệu trong bảng cho thấy sai số về số khối trung bình của peptide phù hợp tại mỗi điểm.