Viện Nghiên cứu Nuôi trồng thủy sản II là đơn vị sự nghiệp khoa học công nghệ công lập trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, có chức năng nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ, đào tạo, hợp tác quốc tế, tư vấn và dịch vụ về bảo tồn và phát triển nguồn lợi thủy sản; nuôi trồng; khai thác thủy sản; chế biến thủy sản thuộc các tỉnh Miền Nam.
1. Xây dựng và trình Bộ:
a) Chiến lược, quy hoạch, kế hoạch dài hạn, năm năm, hàng năm, các chương trình, dự án về thủy sản thuộc nhiệm vụ của Viện và tổ chức thực hiện sau khi được Bộ phê duyệt;
b) Tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật quốc gia, định mức kinh tế kỹ thuật, quy trình, quy phạm, hướng dẫn kỹ thuật về nuôi trồng, chế biến, khai thác, bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản thuộc nhiệm vụ của Viện theo quy định của pháp luật.
2. Nghiên cứu cơ bản có định hướng và nghiên cứu ứng dụng tổng hợp:
a) Các tiến bộ khoa học công nghệ phục vụ nuôi trồng, khai thác, bảo quản, chế biến, bảo vệ và phát triển nguồn lợi thủy sản;
b) Đánh giá tác động nguồn nước, môi trường, biến đổi khí hậu liên quan đến thủy sản và đề xuất các giải pháp thích ứng, giảm thiểu;
c) Đặc điểm sinh học về sinh sản, dinh dưỡng, sinh trưởng của các đối tượng nuôi;
d) Bệnh thủy sản, các vấn đề dịch tễ học, tác nhân, nguyên nhân gây bệnh và đề xuất biện pháp phòng, trị bệnh;
đ) Tạo vắc xin thủy sản và chế phẩm sinh học phục vụ nuôi trồng thủy sản;
e) Quan trắc, cảnh báo, dự báo môi trường và dịch bệnh trong nuôi trồng thủy sản;
g) Chọn, tạo giống, sản xuất giống nhân tạo, phương pháp di giống; các giải pháp quản lý sức khỏe thủy sản;
h) Quy trình, công nghệ sản xuất thức ăn, các loại rong, tảo có giá trị kinh tế trên các vùng nước làm thức ăn cho thủy sản; dinh dưỡng, bảo quản thức ăn thủy sản; chế biến và bảo quản thủy sản sau thu hoạch;
i) Thuần hóa những loài thủy sản mới nhập nội, lai tạo giữa các đối tượng thủy sản có giá trị kinh tế để tạo ra giống mới có năng suất cao.
3. Điều tra môi trường, nguồn lợi thủy sản nội địa và ven biển, quy hoạch phát triển nuôi trồng, chế biến, khai thác và bảo vệ nguồn lợi thủy sản, các đối tượng thủy sản có giá trị kinh tế.
4. Tập hợp, tuyển chọn và lưu giữ giống gốc, giống thuần các đối tượng thủy sản có giá trị; lưu giữ, khai thác và phát triển nguồn gen thủy sản.
5. Khảo nghiệm, kiểm nghiệm giống, thức ăn, thuốc, hóa chất và chế phẩm sinh học dùng trong thủy sản theo quy định của pháp luật.
6. Đào tạo, tập huấn khoa học kỹ thuật, đào tạo sau đại học theo chuyên ngành được giao, tham gia công tác khuyến ngư.