Nhiệm vụ chính của Viện là nghiên cứu những vấn đề khoa học và công nghệ thuộc các lĩnh vực: công nghệ gen, công nghệ tế bào động vật, công nghệ tế bào thực vật, công nghệ vi sinh, công nghệ protein và enzyme, công nghệ sinh học môi trường, công nghệ sinh học biển, công nghệ vật liệu sinh học, công nghệ sinh học nano, công nghệ sinh – y học, tin sinh học và các lĩnh vực khác có liên quan.
Viện là đơn vị triển khai, ứng dụng và chuyển giao các kết quả nghiên cứu khoa học và công nghệ mới; tổ chức sản xuất, kinh doanh, tư vấn, dịch vụ về công nghệ sinh học và các lĩnh vực liên quan vào thực tiễn sản xuất và đời sống, góp phần xây dựng và phát triển ngành công nghiệp sinh học.
Viện là cơ sở đào tạo nhân lực khoa học và công nghệ có trình độ cao, tổ chức đào tạo sau đại học và tham gia đào tạo đại học về sinh học và công nghệ sinh học. Viện cung cấp thông tin, tư vấn, bồi dưỡng và nâng cao trình độ cán bộ trong lĩnh vực sinh học và công nghệ sinh học.
Viện tiến hành nhiệm vụ hợp tác quốc tế về sinh học và công nghệ sinh học và các lĩnh vực liên quan: trao đổi cán bộ; cử cán bộ đi đào tạo ngắn hạn và dài hạn (thực tập sinh, thạc sỹ, tiến sỹ và sau tiến sỹ); tham gia các chương trình/dự án hợp tác khoa học và công nghệ với các nước; tham gia và tổ chức các hội nghị, hội thảo quốc tế.