Trung tâm Nông nghiệp hữu cơ được thành lập vào năm 2009, tập hợp được đông đảo đội ngũ là các nhà giáo, các nhà kinh tế, các kỹ sư thuộc Học viện Nông nghiệp Việt Nam và một số người có liên quan đến nông nghiệp để triển khai nghiên cứu, thực hiện các đề tài về nông nghiệp nông thôn, thực hiện các dự án thuộc chương trình nông thôn mới và đặc biệt là thương mại hóa các sản phẩm nông nghiệp hữu cơ, một lĩnh vực rất mới mẻ với thị trường tiêu dùng Việt Nam. Trung tâm có liên kết với một số Trường Đại học của khu vực Châu Á để thúc đẩy sự phát triển của nông nghiệp hữu cơ, các loại phân bón hữu cơ, giá thể hữu cơ trong trồng trọt của khu vực đô thị, các loại thuốc bảo vệ thực vật hữu cơ sinh học, giống cây trồng vật nuôi đảm bảo an toàn và có nguồn gốc rõ ràng.
Từ khi thành lập dến nay,Trung tâm đã tập trung phát triển các lĩnh vực về nấm, rau mầm, và rau hữu cơ đô thị, đưa ra thị trường bộ KIT sản phẩm cho một số loại rau ăn lá dùng trong đô thị Hà Nội và đã tạo được chỗ đứng và có uy tín trong lĩnh vực rau đô thị. Đã thực hiện và đang trong giai đoạn nghiệm thu đề tài về lúa hữu cơ tại huyện Mỹ Đức, Hà Nội, Đề tài được Sở Khoa học và công nghệ Hà Nội cấp kinh phí, đang tiến hành tư vấn và thiết kế một số mô hình trồng rau, củ quả và chè theo hướng nông nghiệp hữu cơ và VietGAP.