Về Nghiên cứu Khoa học và Chuyển giao Công nghệ Bảo vệ Môi trường và Tài nguyên: là lĩnh vực thế mạnh hàng đầu của Viện. Với lợi thế về thương hiệu truyền thống, cơ sở vật chất phòng thí nghiệm hiện đại, đội ngũ cán bộ có kinh nghiệm và tâm huyết, ngoài các đề tài dự án và chương trình/nhiệm vụ cấp Nhà nước (chủ yếu do Bộ TN&MT, Bộ KHCN và Bộ GDĐT thông qua ĐHQG-HCM giao), hàng năm Viện còn thực hiện được rất nhiều đề tài dự án cấp tỉnh thành với kinh phí hàng chục tỷ đồng mỗi năm, nhất là tại khu vực các tỉnh Đông Nam bộ và Đồng bằng sông Cửu Long, đóng góp đáng kể cho công tác nghiên cứu KH và chuyển giao công nghệ cho khu vực. Nhiều công trình NCKH và CGCN của Viện (như công trình xử lý nước thải, xử lý khí thải, xử lý chất thải rắn và chất thải công nghiệp nguy hại, các dự án qui hoạch bảo vệ môi trường và tài nguyên, các công trình hạ tầng môi trường đô thị - KCN và nông thôn…) đã được chuyển giao và ứng dụng thực tiễn tốt.
Về Đào tạo: Có thể nói Viện đã trở thành đơn vị hàng đầu trong cả nước về đào tạo Sau đại học trong lĩnh vực MT&TN. Trong những năm đầu mới thành lập Viện (1996), chỉ có 01 chuyên ngành ĐT ThS, 01 chuyên ngành ĐT TS với khoảng trên 10 HVCH và 2 – 3 NCS mỗi năm, cho đến nay Viện đã có 03 chuyên ngành ĐT ThS, 06 chuyên ngành ĐT TS với gần 300 HVCH và 20 NCS đang học tập và nghiên cứu tại Viện (hàng năm Viện tuyển được trên 100 HVCH và 4 – 10 NCS). Tính đến thời điểm hiện nay Viện đã đào tạo được trên 400 Thạc Sỹ và gần 20 Tiến sỹ chuyên ngành. Ngoài ra còn các CTĐT TS phối hợp với nước ngoài (Thuỵ Sỹ, Nhật, Đức… với nhiều NCS đang học tập và nghiên cứu tại các nước nêu trên). Những ThS và TS tốt nghiệp tại Viện đã và đang đóng góp tốt cho sự nghiệp bảo vệ MT&TN trong cả nước, và nhiều người trong số họ đã và đang nắm giữ các vị trí chủ chốt trong các Viện NC, Trường ĐH và Cơ quan quản lý nhà nước trong cùng lĩnh vực.
Về quan trắc môi trường: Với thế mạnh cơ sở vật chất PTN hiện đại đã được chứng nhận tiêu chuẩn chất lượng (ISO/VILAS) và đội ngũ chuyên môn được đào tạo bài bản, hơn nữa lại được Bộ TN&MT giao nhiệm vụ quan trắc quốc gia hàng năm, Viện đã và đang thực hiện những hoạt động quan trắc môi trường đa dạng (từ mạng lưới quan trắc quốc gia thực hiện định kỳ cho đến các hoạt động quan trắc theo nhu cầu của xã hội được giao nhiệm vũ (đặt hàng) từ các Cơ quan quản lý môi trường các địa phương, các doanh nghiệp SXCN, các dự án phát triển,… Nổi bật hơn cả trong thời gian gần đây (2010) là việc hoàn thành tốt nhiệm vụ quan trắc môi trường nước sông Thị Vải (để đánh giá thiệt hại do ô nhiễm môi trường) do Tổng cục Môi trường – Bộ TN&MT giao.
Về quan hệ hợp tác đối ngoại: Với bề dày hoạt động hơn 30 năm qua, Viện đã phát triển được một hệ thống các quan hệ đối ngoại khá đa dạng, góp phần đáng kể vào sự nghiệp phát triển của Viện (trong đào tạo, NCKH, CGCN, và QTMT). Tiêu biểu nhất có thể đến là Dự án Việt Nam – Thụy Sỹ tài trợ bởi SDC Thụy Sỹ (giữa Viện Kỹ thuật Liên bang Thụy Sĩ EPFL và Viện MTTN, kéo dài trong hơn 10 năm với 3 giai đoạn); Ngoài ra các dự án và hợp tác quốc tế với các đối tác khác có thể kể đến như: ĐH Toronto (Canada); ĐH Nông nghiệp Wagenningen (Hà Lan), Viện Công nghệ Châu Á (AIT, Thái Lan); Trung tâm xử lý dữ liệu viễn thám trái đất ERSDAC (Nhật Bản), Khoa SĐH thuộc ĐH Osaka (Nhật Bản); Viện ĐT về Nước UNESCO-IHE (Hà Lan); Bộ Giáo dục và Nghiên cứu CHLB Đức (BMBF), Dự án DAAD-EXCEED với DAAD và BMZ của CHLB Đức, dự án ASEA-UNINET với Áo, ASIA-LINK với CH Pháp,... Ngoài các qua hệ quốc tế kể trên, Viện cũng đã phát triển được một mạng lưới sau rộng với các cơ quan đơn vị trong nước như: Các Sở TNMT, Sở KHCN các tỉnh thành, các công ty / doanh nghiệp, Ban quản lý các KCN-KCX, các Trường Viện NC và các đơn vị bạn,… góp phần thúc đẩy các loại hình phối hợp hợp tác và phát triển.