Tỉ lệ thức ăn được thủy sản hấp thụ trong quá trình nuôi, theo các số liệu thống kê, chỉ từ 29,7-30,7%, nên lượng chất thải trong nuôi trồng thủy sản rất lớn (chất thải rắn như thức ăn thừa, phân thủy sản; chất thải hòa tan như ammonia, phosphore, ni tơ,…), cần phải xử lý trước khi tái sử dụng hoặc thải ra môi trường.
Hệ thống tuần hoàn xử lý nước trong nuôi trồng thủy sản bao gồm: hệ thống lọc cơ học, hệ thống diệt khuẩn, hệ thống khử CO2, hệ thống lọc sinhh học, hệ thống cung cấp oxy cho nước đưa về bể nuôi và hệ thống giám sát. Hệ thống có thể ứng dụng cho đa dạng các loài thủy sản, từ nuôi cá biển đến cá nước ngọt.